确诊原发性肝癌一般依据患者病史、临床表现、体征和辅助检查判断。主要有以下几点：
1、病史方面，国内原发性肝癌多半是在乙肝、肝硬化基础上发展而来，所以首先要询问有无乙肝、肝硬化病史；
2、通过查体例如触诊，明确右上腹能否触到包块；
3、通过特征性影像学检查，例如增强超声造影、增强CT、增强核磁等影像学检查，一般都有共同特点，即肝脏占位存在快进快出表现。
这时如果联合抽血检查当中发现肝癌特征性的标志物甲胎蛋白升高，可以临床诊断为原发性肝癌。
部分患者即使进行影像学检查，甲胎蛋白较低，不代表不是肝癌。其他手段例如PET-CT、肝动脉造影鉴别是否属于原发性肝癌。即使这些检查手段都做完以后，还不能确定是否为原发性肝癌，需要进行最终病理穿刺才能明确诊断。
因为病理是诊断疾病的最终标准，通过穿刺在显微镜下可以得到是否为原发性肝癌，但大部分原发性肝癌患者通过病史、临床表现、体征和辅助检查，基本都可以确诊。
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