1、在临床上大多数的肛瘘手术一般也就是半个小时左右，因为大多数的肛瘘都属于比较简单的类型，比如低位单纯性肛瘘或者低位复杂性肛瘘或者高位单纯性肛瘘，这几种类型的肛瘘，一般需要做肛瘘切开术，肛瘘切除术，以及肛瘘挂线术，有时候也会应用经括约肌间肛瘘结扎术，手术操作都不复杂，需时也不久，一般半个小时左右就够了。
2、但是如果肛瘘属于高位复杂性肛瘘，手术时间就不好确定，因为高位复杂性肛瘘有多个内口以及瘘管，手术过程中操作比较复杂，可能会需要一两个小时。
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