1、慢性肠炎药物需根据引起慢性肠炎的病因和患者症状选择。
2、如细菌感染引起慢性肠炎，需使用头孢类抗生素和喹诺酮类抗生素进行治疗。
3、寄生虫感染引起慢性肠炎需使用吡喹酮类药物治疗。
4、溃疡性结肠炎患者需要服用免疫抑制剂和水杨酸制剂、微生态调节剂等药物进行治疗。
5、另外还可根据患者症状选择药物治疗，如腹痛和肠痉挛症状严重也可使用解痉镇痛的药物治疗，腹泻严重使用止泻药进行治疗，肠道菌群失调引起的慢性炎症可使用补充肠道益生菌的药物，改善肠道菌群失调。
6、慢性肠炎如反复发作，建议及时完善电子结肠镜检查看肠黏膜是否有新病变。
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